Το μάθημα «Ειδική Οργανική Χημεία» θεραπεύει τις βασικές έννοιες της Φασματοσκοπίας και της Χημείας των Βιομορίων. Ο στόχος του μαθήματος είναι να κατανοήσουν οι φοιτητές τις βασικές αρχές της οργανικής χημείας και τη σημασία της οργανικής φασματοσκοπίας στην αποτίμηση της δομής των οργανικών ενώσεων. Στοχεύει επίσης στην κατανόηση της σημασίας της δομής και της λειτουργίας των βασικών κατηγοριών των βιομορίων. Μέσα από τη διδασκαλία του μαθήματος, οι φοιτητές αναμένεται να έχουν αποκτήσει όλες εκείνες τις βασικές γνώσεις ώστε να συνεχίσουν τις σπουδές στους και να χρησιμοποιήσουν τις γνώσεις τους ως εργαλείο σε μαθήματα ειδικής περιοχής όπως π.χ. στη Φαρμακευτική Χημεία. Προκειμένου να πραγματοποιηθούν οι στόχοι του μαθήματος, η ύλη του θα κατανεμηθεί, συνοπτικά, στα ακόλουθα κεφάλαια: Α) Φαρματοσκοπία Υπερύθρου (Infrared, IR), Β) Φασματομετρία Μάζας (Mass Spectrometry, MS), Γ) Φασματοσκοπία NMR (Nuclear Magnetic Resonance), Δ) Συζυγιακά Συστήματα και Περικυκλικές Αντιδράσεις, Ε) Αρωματικότητα και Αρωματικές Ενώσεις, ΣΤ) Αντιδράσεις Αρωματικού Δακτυλίου, Ζ) Χημεία του Καρβονυλίου 1 – Αλδεΰδες και Κετόνες, Η) Χημεία του Καρβονυλίου 2 – Καρβοξυλικά οξέα και παράγωγα, Θ) Χημεία του Καρβονυλίου 3 – Ενόλες και Ενολικά Ιόντα, Ι) Αμίνες, Κ) Βιομόρια – Υδατάνθρακες, Λ) Βιομόρια – Αμινοξέα και Πρωτεΐνες, Μ) Βιομόρια – Λιπίδια.

Στα πλαίσια του μαθήματος δίνονται οι βασικές έννοιες της υγιεινής διατροφής, της φυτοθεραπείας, της ομοιοπαθητικής. Παρουσιάζονται αναλυτικά ο ρόλος των θρεπτικών συστατικών στην διατροφή του ανθρώπου, καθώς και η θεραπευτική χρήση των φυτών και των αιθερίων ελαίων, αλλά και των υπεραραιών, δυναμοποιημένων διαλυμάτων φαρμακολογικά δραστικών ουσιών που χορηγούνται με θεραπευτικό σκοπό σε ανθρώπους, ζώα και φυτά.